A regra geral é: sempre que possível, mantenha tudo em um único sistema. Caso não dê, ou não queira, aí sim utilize dois ou mais. Veja algumas dicas para fazer isso neste post. 

Só valerá a pena manter ou separar quando esta escolha oferecer mais produtividade com menos estresse em sua rotina diária. Alguns profissionais alegam que, por possuírem muitos projetos profissionais ativos simultaneamente, preferem separar os sistemas. Outros usam o mesmo argumento para mantê-los juntos.

A sua escolha deve levar em consideração o que foi descoberto nos testes que foram realizados. Teoricamente, ambos funcionam. A justificativa para separar seria uma facilidade em manter o foco relacionado ao contexto pessoal/profissional ou uma impossibilidade de acesso fora do contexto. No cenário GTD a recomendação é não criar esta separação. Nossa vida é um conjunto de áreas de responsabilidades, dissociá-las pode ser menos produtivo.

O ideal é ter apenas uma ferramenta, isso facilita a revisão semanal, quando vamos sobrevoar tanto os projetos pessoais como os profissionais. Mantê-los separados significariam duas revisões por semana.

É importante que você possa abrir os seus projetos em qualquer lugar.  Algumas empresas não permitem este acesso ao sistema corporativo a partir de casa. Neste caso é desaconselhável manter tudo em um único sistema. Em outros casos o profissional não tem acesso aos projetos profissionais no seu celular. Aqui também é recomendável usar um sistema alternativo na nuvem que sincronize com seus dispositivos móveis. 

Já ouvi depoimentos de profissionais que adoram o fato de não terem acesso aos dados da empresa, fora dela. É mais um incentivo para viverem o aspecto pessoal durante todo o final de semana, sem nenhum peso na consciência.

Temos uma listagem de ferramentas úteis para o GTD, vale o passeio para conferir as novidades.